La verdad, puedes hacerlas en cualquier cuerda, incluso en la II, claro que será mucho más agudo :P

Con respecto a como diferenciar, si estás con la distorsión a tope es difícil distinguir en que cuerda se está tocando la quinta, así que la decisión pasa más que nada por una cosa de comodidad de digitación. Por ejemplo, si tienes una secuencia C5 - D5 - F5, lo más cómodo es tocar C y D en la V y F en la IV o C y D en la VI y F en la V.