Estoy tan acostumbrado a trabajar en Linux, que me confundo entero al tratar de hacer manipulación de archivos múltiples en Windows.
La tarea del día es transformar un directorio lleno de wavs a flacs. En linux, habría hecho algo como

for i in *.wav
do
flac $i
done

Pero en territorio de redmond no hay nada por el estilo. Así que, buscando por allí, me encontré con Frontah. Es muy agradable de usar, ya que tiene controles pretedeterminados para una gran cantidad de codificadores, incluyendo por supuesto flac. Su uso es muy sencillo: se agrega la carpeta, se selecciona el codificador y se presiona el mismo botón donde se selecciono el tipo de archivo. ¡Y listo! Totalmente recomendado.